En cada tramo o sección existe un supervisor ambiental que vigila, que cada empresa contratista cumpla con todo lo que pide el Plan de Manejo Ambiental. Por ejemplo, se instruye al personal de la obra, a los residentes de la zona y a los visitantes que transitan por la vía, sobre la prohibición de extracción de especies de flora y fauna.

También, no se permite que se utilice madera o material vegetativo de los alrededores, para la construcción de andamios de madera, apuntalamiento (estructuras temporales usadas en una construcción para apoyo), encofrados u otras actividades de construcción. Sin embargo, en caso que se necesiten arboles para utilizar su madera, deberán de hacerlo bajo los criterios de raleo y poda.

El Proyecto de Transporte de la Cuenta del Milenio cuida el ambiente para la sustenebilidad del crecimiento económico de Honduras.